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Existen diferentes métodos de cuantificación de microorganismos, cada uno con sus ventajas y limitaciones. La elección del método dependerá de la muestra y los microorganismos que se quieran cuantificar Algunos de los métodos más comunes son los siguientes:
1. Recuento en placa
Es uno de los métodos más comunes y se utiliza para determinar la cantidad de microorganismos viables presentes en una muestra. Consiste en diluir la muestra y colocar una cantidad conocida en una placa de agar. Luego, se incuba la placa para que los microorganismos se multipliquen y se cuentan las colonias formadas.
2. Microscopía
Este método se utiliza para cuantificar microorganismos no viables o aquellos que no pueden estar presentes en medios de cultivo convencionales. Se utiliza un microscopio para contar las células presentes en una muestra.
3. Métodos de turbidez
Estos métodos miden la cantidad de luz absorbida por una solución turbia. A medida que aumenta la cantidad de microorganismos presentes en la muestra, la turbidez de la solución aumenta.
4. Métodos de bioluminiscencia
Se utilizan microorganismos modificados genéticamente que producen luz en presencia de ciertos compuestos. La cantidad de luz producida se correlaciona con la cantidad de microorganismos presentes en la muestra.
5. PCR (Reacción en Cadena de la Polimerasa)

Es un método que permite detectar y cuantificar el material genético de los microorganismos presentes en una muestra. Se utiliza para identificar microorganismos específicos y puede ser muy sensible en la detección de pequeñas cantidades de material genético.